Der Rechnungsprüfer wird aus dem Verzeichnis der Rechnungsprüfer ausgewählt und vom Delegiertenrat ernannt. Der Rechnungsprüfer überwacht die Führung des Konsortiums, legt dem Delegiertenrat einen Bericht über den jährlichen Haushaltsvoranschlag und die Abschlussrechnung vor und überprüft jährlich die Kassenabrechnung und versieht sie mit einem Sichtvermerk.
Der Rechnungsprüfer für die Verwaltungsperiode 2012-2016 ist Dr. Christian Unterhauser.